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【Science分享】天津大學張雁教授團隊揭示噬菌體基因組中二氨基嘌呤取代腺嘌呤的廣泛途徑

作者:康潤生物
發(fā)布時間:2022-12-12
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2021年4月30日,天津大學張雁教授團隊在Science上在線發(fā)表了題為“A widespread pathway for substitution of adenine by diaminopurine in phage genomes”的研究論文,闡述了噬菌體基因組中二氨基嘌呤取代腺嘌呤的廣泛途徑。

文章概述

DNA修飾在形式和功能上有所不同,但一般不會改變沃森-克里克的堿基互補配對原則。藍細菌噬菌體S-2L基因組DNA中的2,6-二氨基嘌呤(Z)是個例外,它完全取代了腺嘌呤,并與胸腺嘧啶配對形成三個氫鍵進而改變了沃森-克里克堿基配對。Z-基因組DNA也影響了雙鏈DNA的物理、化學和機械性質(zhì),然而44年以來,Z基因組的生物合成、廣泛程度和重要性仍未被探索。

 

噬菌體編碼的PurZ是嘌呤生物合成途徑中腺苷酸琥珀酸合成酶(PurA)的同源蛋白。在多種生物體中,PurA和腺苷琥珀酸裂解酶(PurB)催化肌苷5’-單磷酸(IMP)轉(zhuǎn)化為腺苷5’-單磷酸(AMP)。作者利用生物信息學分析驗證了PurZ參與類似反應來產(chǎn)生Z核苷酸。通過酶學方法作者驗證了多個噬菌體PurZ的酶活性,PurZ和PurB通過兩步酶促反應生成dZMP。隨后dZMP經(jīng)過兩步磷酸化形成二氨基-2’-脫氧腺苷5’-三磷酸(dZTP),最后通過聚合酶并入噬菌體基因組中;同時作者也表征了噬菌體基因組編碼的HD結(jié)構(gòu)域類水解酶 (dATPase)和DUF550結(jié)構(gòu)域蛋白的功能。dATPase可以特異性地從宿主的核苷酸庫中去除dATP及其前體dADP,阻止A堿基摻入噬菌體基因組,從而促進Z基因組的合成。含有DUF550結(jié)構(gòu)域的酶可以提高dZTP水平,消耗dATP來促進Z摻入。

 

作者發(fā)現(xiàn)了上百個噬菌體中都含有保守的PurZ基因,并選擇其中一株噬菌體-鮑曼不動桿菌噬菌體SH-Ab 15497進行了Z-基因組的驗證。實驗結(jié)果表明,在SH-Ab 15497的基因組中,Z幾乎完全取代了A與T配對,含有Z的基因組并不局限于已知的藍細菌噬菌體S-2L,它的存在可能比之前所認為的更廣泛。

 

本文報道的Z-基因組生物合成系統(tǒng),可以促進Z- DNA的生產(chǎn),用于各種新興應用。顯然,大自然已經(jīng)想出了一種實現(xiàn)增加堿基多樣性這一目標的方法。作者的研究結(jié)果可能會激發(fā)人們對生命起源和天體生物學的跨學科研究的興趣。

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(Z基因組的生物合成途徑)

本文中使用GenStar的優(yōu)質(zhì)產(chǎn)品:


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圖片

StarRuler Color Prestained Protein Marker(10-245 kDa)

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(GenStar蛋白Marker結(jié)果圖,引自原文)

StarPrep Gel Extraction Kit(Cat#D205)

產(chǎn)品特點

  • 簡單快速:膜結(jié)合液與膠塊比例優(yōu)化,避免反復上樣;

  • 高回收率:回收效率可達 90%;

  • 操作安全:無需苯酚/氯仿抽提;

  • 人性化設計:高品質(zhì)耗材的人性化設計,方便使用。

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StarRuler Color Prestained Protein Marker (10-245kDa)(Cat#M222)

產(chǎn)品特點


  • 寬廣分子量范圍;

  • 精準的指示位置;

  • 清晰的條帶示蹤;

  • 人性化的色彩設計。

22121204.png22121205.png

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